Анимационный сериал подробно расскажет историю знаменитой Войны клонов. Ситхи во главе с темным лордом накапливают силы для нового удара. Союзникам, сражающимся на стороне Светлой силы, нужно выступить единым фронтом против зла. Джедаи оказались в гуще события. Впереди их ждут ожесточенные бои против войск Конфедерации.
По всей Галактике идут бескомпромиссные военные действия. В звездном пространстве воюют силы Добра и Зла. Мастер Йода с небольшим отрядом отправляется на планету Тойдарию, где назначены мирные переговоры, и попадает в засаду, организованную графом Дуку. Он пытается отбить массированную атаку дроидов. В открытом космосе республиканский флот терпит поражение. Энакин Скайуокер теряет верного R2-D2 и спешит на поиски друга. Могущественный враг мечтает раз и навсегда покончить с храбрыми рыцарями-джедаями. Королева Падме Амидала попадает прямо в лапы сепаратистов. Космические пираты невольно становятся участниками конфликта. Им удалось похитить адепта Темной стороны Дуку. Представители инопланетных цивилизаций, входящие в Конфедерацию Независимых Систем, получили фору для дальнейших ходов. Военачальники Республики опрометчиво забывают о тыле, где зреет коварный заговор. От его исхода зависит судьба далекой-далекой Галактики.
